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Les calques doivent être entendus au sens propre. Ils se superposent dans l'ordre dans le résultat final. Il ne faut pas hésiter à les multiplier pour avoir l'image la plus modulaire possible.

Les masques de calques permettent d'obtenir des effets en cachant une partie de l'image. On les actives avec un clique droit sur le calque sélectionné dans la liste des calques.

Si le masque de calque est entièrement blanc, l'image sera totalement opacifiée. Ainsi quand on dessine sur le masque de calque, on fait apparaître l'image du calque.

Les canaux permettent d'enregistrer des composantes de l'image. En particulier, une sélection peut être enregistrée dans le canal alpha.